Modul Kontroly poskytuje flexibilné prostredie na riadenie interných a externých kontrol, bezpečnostných testov a ďalších overovacích činností. Umožňuje evidovať priebeh kontroly, jej výsledky a zistenia a následne riadiť súvisiace aktivity a úlohy.
Na rozdiel od formálneho auditu je možné modul využiť aj pre kontrolné a testovacie procesy s individuálne definovaným postupom. Organizácia si môže nastaviť typ kontroly, jednotlivé kroky, spôsob evidencie výsledkov a nadväzujúce činnosti podľa svojich potrieb.
Výsledky kontrol a bezpečnostných testov sú vo WebArate prepojené s ďalšími procesmi a môžu vstupovať aj do analýzy rizík. Identifikované zistenia sa tak stávajú podkladom pre ďalšie vyhodnocovanie, nápravné aktivity a zlepšovanie úrovne bezpečnosti organizácie.