Modul Analýzy rizík umožňuje systematicky hodnotiť identifikované riziká a určovať ich úroveň podľa metodiky organizácie. WebArat umožňuje nastaviť vlastné kategórie, hodnoty, parametre a spôsob výpočtu tak, aby analýza zodpovedala požiadavkám organizácie a oblasti, pre ktorú sa vykonáva.
Analýzu rizík je možné realizovať manuálne, poloautomatizovane alebo automatizovane s využitím informácií a väzieb z ďalších modulov WebAratu. Organizácia si môže definovať akceptovateľnú úroveň rizika a na základe výsledkov rozhodovať o potrebe a spôsobe jeho ďalšieho zvládania.
Výsledky analýzy sú prepojené s plánom zvládania rizík a bezpečnostnými opatreniami. WebArat tak umožňuje sledovať riziká v širších súvislostiach, vyhodnocovať ich vývoj a systematicky riadiť aktivity smerujúce k ich zníženiu, prenosu, vyhnutiu sa alebo akceptovaniu.